研究人员发现，CRISPR/Cas9的脱靶现象通常与sgRNA相关。除了编辑目标位点，sgRNA可允许5至6个碱基的错配，或者因sgRNA缺失或额外碱基的存在而引发非靶向切割，从而导致脱靶效应。这些潜在的脱靶位点在基因组中有成千上万个，因此全面评估全基因组的脱靶效应成为一项重要挑战。

近年来，基因组测序技术广泛应用于脱靶检测。例如，Kevin等人（2021）利用全基因组测序和生物信息学分析评估了Cas9的脱靶风险。他们对163个sgRNA在基因编辑小鼠与对照小鼠之间进行了基因组序列和结构变异的比较，并使用Cas-OFFinder工具预测出556266个潜在的脱靶位点，通过将变异信息与这些潜在脱靶位点进行交集分析，他们最终检测到28个脱靶位点，其中9个通过Sanger测序验证为真实脱靶位点。这项研究显示，尽管真实脱靶仅占潜在脱靶的一小部分，但其风险依然不可忽视。

针对基因编辑的脱靶特性，尊龙凯时研发团队结合基因组测序技术，推出了全基因组脱靶检测服务。我们采用mutect2作为变异分析工具，通过比对基因编辑组和对照组的测序数据，鉴定基因编辑组中的单核苷酸突变（SNV）与插入缺失变异（Indels）。此外，我们还利用Cas-OFFinder预测潜在的脱靶位点，分析sgRNA与基因组的匹配情况，以便准确识别可能的脱靶区域。通过将mutect2的变异分析结果与Cas-OFFinder的预测结果结合，我们能够明确发生编辑的脱靶位点。

除了脱靶效应的分析，我们还使用CNVkit和manta两种生物信息学工具。CNVkit能够识别基因组中的拷贝数变化，而manta能够检测插入、缺失及易位等染色体结构变异类型。这些分析结果有助于我们全面了解基因编辑过程中引发的染色体结构变异。

与GUIDE-seq体内检测相比，全基因组脱靶检测无须依赖于ODN插入，提供了更加灵活便捷的检测方法，并能分析较大片段的染色体变异。尊龙凯时科技作为国内首家提供脱靶检测服务的公司，能够提供包括全基因组脱靶检测、GUIDE-seq体内脱靶检测、AID-seq体内脱靶检测在内的多种服务。如需了解更多信息，欢迎随时咨询。